Au VI ème siècle la ville fut soustraite aux Goths par l'empire byzantin pendant la tentative de Justinien de reformer l'Empire romain.
Elle devient par la suite un duché autonome, sous la juridiction de Byzance.

Grâce à la clairvoyance de ses chefs et de ses évêques, Naples résista aux tentatives de conquêtes des Lombards, des Francs et des Sarrasins. Elle fut un des derniers territoires à tomber aux mains des Normands en 1137. Ces derniers fondèrent le Royaume de Sicile dont la capitale était Palerme.

La ville passa ensuite au pouvoir des suèves avec Frederic II qui y fonda l'Université en 1224 , la deuxième de la péninsule italique.