Avec les incursions germaniques du Ve siècle, beaucoup de romains des villes de Campanie, soumises à l’ordre des barbares, se réfugièrent sur les Monts Lattari. Certains s’établirent dans le petit village d’Amalfi, le transformant en ville.
Les premières traces écrites sur Amalfi datent de 533, du temps de la guerre contre les Goths. Avec la victoire de Narsete sur Teia, la ville passa sous la domination de l’Empire Romain de Byzance, au sein du Duché de Naples, jusqu’au début du IXe siècle.
La ville canotière apparaît officiellement dans une lettre, écrite en 596 par le Pape Gregorio Magno, dans laquelle il mentionne l’évêque d’Amalfi. Siège épiscopal au VIe siècle, l’évêque y tenait des fonctions religieuses et pourvoyait à la défense de la ville. Plus tard, le pouvoir politique lui fut confisqué par l’aristocratie des propriétaires terriens.
Dans cette lettre de 596, Amalfi est désignée comme castrum, un avant-poste défensif. En effet, en raison de sa position, le long des frontières méridionales du Duché byzantin de Naples, elle a servi de refuge contre les incursions des Lombards de Benevento (Bénevent). Ces derniers finirent par la conquérirent, grâce à la trahison de quelques familles locales, et en déportèrent une partie de sa population.
En 836, Sicard le duc de Bénévent pilla Amalfi et en déporta les habitants à Salerne. Cependant, ces derniers se réorganisèrent et en profitant des divisions internes de la cour lombarde qui aboutirent à l’assassinat du duc Sicard en 839, les amalfitains se révoltèrent. Ils pillèrent Salerne, y libérèrent les otages, et le 1er Septembre 839 ils fondèrent une république autonome qui affirma sa puissance jusqu’à la fin du XIe siècle, se renforçant pour mieux défendre le commerce maritime d’Amalfi contre les attaques des ducs Lombards.
