Quand en janvier 1799 les troupes révolutionnaires françaises sont entrées dans la ville elles ont été aidées par une partie mineure de la bourgeoisie, mais ont dû faire face à une forte résistance de la part des lazzari qui étaient fortement religieux et n’accèptaient pas ou de comprenaient pas les nouvelles idées.

La république essaya de recevoir l’appui populaire en supprimant les privilèges féodaux en 1799 sur le modèle de la république française. Mais son existence fut aussi intense que brève, ne rencontrant jamais la faveur populaire, pour qui les intellectuels étaient très loins de connaitre les besoins du peuple.
En outre, la République – quoique non reconnue par la France – fut de fait subordonné à une « dictature de guerre » française qui en limita de beaucoup l’autonomie et la força à soutenir les considérables frais de l’armée française constamment en campagne.
À ceci, s’ajouta une très forte répression contre les opposants du nouveau régime qui n’aida certes pas à conquérir les sympathies populaires (quelques sources parlent de plus de 1500 personnes condamnées à mort après de sommaires « procès politiques » dans tout le Royaume).

Le peuple s’est rebellé, mais en juin 1799 leurs chefs républicains se sont rendus. L’Amiral Horatio Nelson a commandé les exécutions de ces derniers : Francesco Caracciolo, Mario Pagano, Ettore Carafa.

De toute manière, la République fut balayée en quelques mois par les armées se réclamant des « lazzari » commandés par le cardinal laïque Fabrizio Ruffo appuyé par la flotte anglaise.
Naples est partiellement reconquise par Ferdinand. La répression fût brutale faces aux partisans de la République Napolitaine avec environ une centaine d’exécutions.

Peu après, en 1806, Naples fut conquise à nouveau par les français (malgré la victoire anglo-napolitaine de Maida en Calabre).
La guerre continua jusqu’en 1808 lorsque toute la partie continentale du Royaume est conquise et placée sous le contrôle de Joseph Bonaparte, frère de Napoléon.

En 1811 le roi de Naples, Joachim Napoléon Murat, grand urbaniste, fit construire l’École du corps des ingénieurs des ponts et chaussées – qui devint l’Ecole supérieure polytechnique au début du XXème siècle pour ensuite être réunie à l’actuelle université Federico II en devenant en 1935 la première faculté d’ingénieurs en Italie.

Murat a créé une administration communale dirigée par un maire – qui fut laissée presque tel quel par Ferdinand lorsqu’il regagna son royaume en 1815.

Murat survécut de peu à Napoléon et fut expulsé par les Bourbons ; avec quelques partisans il tenta un débarquement en Calabre pour reconquérir le royaume, il échoua et fut fusillé.
Après la chute de Napoléon Bonaparte, le royaume revient en 1815 dans les mains de Ferdinand de Bourbon, la Restauration est accomplit.