En 841, dans la lutte pour la succession du duché de Bénévent, le Prince Radelchis I engagea des mercenaires Sarrasins commandés par le berbère Halfun, contre Landolphe, comte de Caserta. Les sarrasins pillèrent et détruisirent l’ancienne Capoue (aujourd’hui Santa Maria Capua Vetere). La population s’en fuit, d’abord à Sicopoli (village au pied du mont Triflisco) puis se déplaça en 856 sur un coude de la rivière Volturno, où se trouvait le port fluvial romain de Casilinum. Elle devint la « Nouvelle Capoue », de nos jours désignée simplement « Capoue ».
Au cours du Xe siècle, la Nouvelle Capoue est devenue la capitale de la Principauté de Capoue, un état lombard autonome s’étendant sur la Terre de Labour (région aujourd’hui partagée entre Latium, Campanie et Molise), étendant sa domination sur des villes comme Caserte, Teano, Sessa, etc.
Capoue atteint son apogée avec le Prince lombard Pandolfo I Testadiferro (961-981).
En 1059 le comte normand Richard Ier d’Aversa conquit la Principauté lombarde de Capoue. Sous les normands, sa position stratégique fut renforcée, aussi bien militairement que commercialement. Elle est devenue un port fluvial actif protégé par de solides murailles.
Elle s’embellit aussi du point de vue urbanistique de la ville, avec de nombreux nouveaux édifices, comme les remparts, des tours de défense et un arc de triomphe.
Un demi siècle plus tard, Henri VI de Souabe l’occupa et détruisit ses murs (reconstruis par la suite). Son fils, Frédéric II (né d’une princesse normande), Roi de Sicile, édifia les deux tours pour défendre le pont romain et un somptueux arc de triomphe, démoli sous Charles V.
Pendant le conflit entre les Souabes et les Angevins, la ville a subi de nombreuses attaques. Avec les Angevins, la ville reprit de l’importance. Sous les aragonais, Capoue resta tranquille, devint un centre culturel. Mais sous Frédéric Ier d’Aragon (couronné dans la cathédrale de Capoue), elle a subi une mise à sac en 1501 par Cesare Borgia avec ses alliés français, où moururent plusieurs milliers d’habitants.
Plus tard, Capoue fut intégrée au royaume napoléonien de Naples et, pendant la période de l’unification de l’Italie (Risorgimento), elle fut le siège d’importants affrontements et de sièges.