Des découvertes archéologiques suggèrent une probable présence étrusque dont les établissements s’étendaient le long de la côte de Pompéi à Pontecagnano.
Son ancien nom, Aequa, dérive probablement de la physionomie plane de son terrain, en comparaison avec la chaîne montagneuse qui l’entoure.
S’y établirent les Tyrrhéniens, puis les Samnites provenant des monts du Sanio, jusqu’à son passage sous la domination de Rome.
D’importants restes de nécropoles préromaines, du VIIe avant notre ère, furent retrouvés sur son territoire. Ils témoignent de la présence d’Étrusques, d’Oscques puis de Samnites, qui avant l’arrivée des grecs, se déplacèrent depuis les plaines du nord vers le sud.
De la période romaine ne restent que les ruines de deux grandes citernes.
Plus tard, le territoire de Vico Equense fit partie du duché de Sorrente jusqu’à la domination angevine et son accession à une relative autonomie.
A l’époque romaine, Equa (ou Aequana) fut plus prospère que la plupart des autres villes de la Péninsule Sorrentine.
Il est probable que le Vicus romano fut un bourg dépendant de la localité de Stabia. Rangée du côté de la Ligue Sociale contre Rome, le bourg en paya les frais : en 89 avant J.-C., Sylla rasa les territoires alliés avec Stabia, expropriant les habitants et les expulsant.
Sous l’empereur Auguste, Aequa renaît, la Péninsule Sorrentine étant devenue colonie romaine.
Le long de la bande côtière qui s’étend de l’actuelle Marina di Vico jusqu’à la Pointe Scutolo, aujourd’hui séparées par la mer, mais autrefois contiguës, s’élevait au Ier siècle avant notre ère une série de villas bien connues à l’époque.
Mais, le Vésuve se mis à faire des siennes : violents tremblements de terre en 62 et en 64 de notre ère, et en 79, le village et les villas côtières furent ensevelis par une éruption. « Celle-là meme » qui fit un sort définitif à Pompéi, Stabie et Herculanum.
Vico traversa ensuite une période sombre, marquée par les dévastations des Goths au VIe siècle, la naissance d’un bourg à l’actuelle Marina d’Equa, et d’un autre noyau habité vers l’actuelle Eglise de San Ciro (Saint-Cyr d’Alexandrie).
Les incursions sarrasines du IXe conduisirent les habitants d’Aequa à se réfugier définitivement sur les hauteurs. Puis des siècles plus tard, au XIIIe siècle, les angevins arrivèrent à Naples. A Vico fut fondée une « Université ».
Ce n’est qu’en 1271, quand Charles II d’Anjou reçu Sorrente et Vico du Pape, que cette dernière fut reconstruite et entourée de murs défensifs.
Vico devint le chef-lieu du territoire d’Equense. Elle prit un rôle important dans la préparation de la flotte pour la croisade du Roi de France Louis IX.
Charles d’Anjou (1285-1309) séjournait régulièrement dans la zone et il transforma le bourg en petite ville en lui édifiant son centre urbain. Vico est un nom qui dériverait de Vici (de petits villages situés sur les routes principales). Le bourg principal fut ensuite appelé Vicus Aequensis, dit aussi « Bourg des Cavaliers ». En 1301, Charles d’Anjou y construisit un château. Il fut restauré par le conte Girolamo Giusso au XVIIe, lui légant son nom.
Vico fut cependant la proie des attaques des Pisans, des Aragonais et des mêmes des Sorrentins qui trahirent le roi Charles d’Anjou en 1284 devant le port de Naples.
Après la période angevine et les expéditions punitives d’Alphonse d’Aragon pour soumettre Vico, l’histoire de la ville est devenue celle du fief de diverses familles, comme les Carrafa et les Durazzo.
Au XVIIe, Vico est reliée à sa voisine Sorrente, malgré une volonté d’autonomie qui a toujours été très forte au regard de celle-ci.
Elle fut un siège épiscopal depuis les premières décennies du VIIe siècle, comptant parmi ses évêques Paolo Regio, célèbre écrivain du XVIe, et Michele Natale. Ce dernier paya de sa vie pour ses idées libérales, exécuté en 1799 à Naples par les Bourbons, pendant la révolution napolitaine.
Par le décret du 27 juin 1818 de Pie VII, le diocèse fut supprimé et le territoire ecclésiastique regroupé au diocèse de Sorrente.